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电子工程与自动化系以培养电子信息处理和微机控制方面的应用型工程技术人才为己任，现有电子信息工程、自动化、电子科学与技术三个本科专业，应用电子技术、工业电气自动化技术二个高职专科专业。三个本科专业分别保持着明确的专业发展方向，其中电子信息工程专业以单片机及嵌入式系统应用、智能仪器开发为特色，并在国内同行中处于领先地位。自动化专业以微机智能化控制、现场分布式总线测控技术为主要方向。电子科学与技术专业将在电子材料、元器件及集成电路设计方面上形成自己的专业特色。其中“电子信息工程”是江西省2002年评审的第一批省级品牌专业，拥有电路与系统和地球探测与信息处理两个硕士点，具有智能检测与仪器、单片机与嵌入式系统、现场总线技术、微机控制技术四个学术梯队。
电子工程与自动化系非常重视学科的发展和实验室建设，下设电子基础教研室、电子信息工程教研室、自动化教研室、电子科学教研室、电子系实验室、工程实训中心，现有电子电工、模拟电路、数字电路、电子综合设计、高频电路、单片机技术、智能仪器、微机接口技术、传感器与检测技术、EDA工程与技术、自控原理与系统、微机控制技术、智能测控系统、电器与可编程实验室等15个实验室和开放性实验室，拥有电子实习工厂与金工实习车间，两个校外定点实习基地（南昌飞机制造厂和江西省科技馆），具备全部实践教学环节的实验条件，是首批通过江西省基础实验室合格检查、验收的优秀实验室。此外，电子工程与自动化系在抚州、九江、鹰潭、吉安和北京等地设有实习地点，组建了由菲利浦公司对我系资助的单片机应用技术实验室。
电子工程与自动化系老师在单片机应用技术方面享有盛舆，处于国内先进水平。该系老师具备较强的单片机最新芯片应用技术的开发和研究能力。近几年来，科研成果突出，先后出版著作近10部，在国家核心期刊和省部级科技刊物上发表论文近百篇，开发的《双向定位自动钢筋弯曲机》获得实用新型专利，承担了包括“山体滑坡监测系统”、“校园卡工程”、GSM移动通信增值业务技术等省部级或市厅级科研项目10余项，其中“校园卡工程”利用智能非接触式IC卡技术与CAN总线技术相结合首创性地开发出“校园消费IC卡管理系统”和“感应式IC卡考勤系统”，并通过江西省科技厅的鉴定验收，在国内外具有广泛的推广价值。
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